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Twonewspecies of Rineloricaria are described from the trans-Andean region of Colombia. Rineloricaria atratoensis, new species, is distributed in the Atrato River and is distinguished by the absence of the mid-dorsal plate series and by having three rows of median abdominal plates, first (unbranched) ray of dorsal, pectoral, and pelvic fins extended as a short filament, and breeding males with hypertrophied odontodes on sides of head and dorsum of pectoral fin. Rineloricaria giua, new species, is found in the Magdalena and Rancherı ´a Rivers and is distinguished by absence of middorsal plate series and by having four or five rows of median abdominal plates, four plates along sides of dorsal-fin base, lateral margins of snout straight, and breeding males with hypertrophied odontodes on sides of head and dorsum of pectoral fin. Phylogenetic analyses of COI sequences of species of Rineloricaria from trans-Andean and Central American river basins revealed the different phylogenetic positions of the new species. Likewise, species delimitation analyses corroborated their status as independent lineages. An identification key for the trans-Andean and Central American species of Rineloricaria is provided. Se describen dos especies nuevas de Rineloricaria de la regio ´n transandina de Colombia. Rineloricaria atratoensis, especie nueva, se distribuye en el rı ´o Atrato y se distingue por no tener la serie de placas dorsales medias, y por poseer tres series de placas abdominales medias, el primer radio (no ramificado) de las aletas dorsal, pectoral y pe ´lvica extendido comounfilamento corto, y machos reproductores con odontodes hipertrofiados en los lados de la cabeza y el dorso de la aleta pectoral. Rineloricaria giua, especie nueva, se encuentra en los rı ´os Magdalena y Rancherı ´a y se distingue por la ausencia de la serie de placas dorsales medias, y por tener cuatro o cinco series de placas abdominales medias, cuatro placas a los lados de la base de la aleta dorsal, ma ´rgenes laterales del hocico rectos y machos reproductores con odontodes hipertrofiados en los lados de la cabeza y el dorso de la aleta pectoral. Los ana ´lisis filogene ´ticos de las secuencias COI de especies de Rineloricaria de las cuencas transandinas y centroamericanas, revelaron la diferente posicio ´n filogene ´tica de las especies nuevas. Asimismo, los ana ´lisis de delimitacio ´n de especies corroboraron su condicio ´n de linajes independientes. Se proporciona una clave de identificacio ´n para las especies transandinas y centroamericanas de Rineloricaria.